A Subsecretaria Pedagógica é responsável por orientar, estruturar e aprimorar as políticas educacionais da rede estadual de ensino, atuando desde a definição e atualização do currículo até a implementação e gestão das ações voltadas aos estudantes. 

Entre suas principais atribuições, destacam-se a elaboração de diretrizes e normas pedagógicas, a seleção de materiais e recursos educacionais, o acompanhamento dos resultados de aprendizagem e a proposição de melhorias contínuas no ensino. Também cabe à Subsecretaria realizar diagnósticos, apoiar a formulação de políticas públicas educacionais e orientar a atuação dos profissionais da rede. 

Além disso, atua na formação continuada do magistério subsidiando as ações da Escola de Formação e Aperfeiçoamento dos Profissionais da Educação do Estado de São Paulo, na coordenação da política de educação em tempo integral e na promoção de uma gestão educacional baseada em evidências. Por fim, colabora na definição técnica de contratações e parcerias, bem como na fiscalização de sua execução, garantindo alinhamento com as necessidades pedagógicas da rede.